1962 – 2013
Rozwój hydrobiologii i badań terenowych
1965
Stacja, po włączeniu w struktury nowo utworzonego Działu Hydrologii Zakładu Ekologii PAN, staje się bazą terenową dla hydrobiologów z Instytutu Ekologii PAN i Uniwersytetu Warszawskiego.
1973
Teren i pomieszczenia Stacji są użytkowane dla celów badawczych i szkoleniowych przez Instytut Mikrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego zgodnie z podpisaną umową
1983
Zmiana kierownictwa Stacji. Po śmierci prof. dr hab. Andrzeja Szczepańskiego, funkcję kierownika obejmuje dr Lech Kufel. Prof. dr hab. Andrzej Szczepański pozostawił po sobie znaną w kraju i na świecie placówkę naukową wielki dorobek naukowy oraz liczne grono uczniów1997
Kierownikiem Stacji zostaje dr Jolanta Ejsmont-Karabin
2001
50-lecie Stacji Hydrobiologicznej w Mikołajkach. Specjalne posiedzenie Komitetu Ekologii przy II Wydziale PAN. Stacja zostaje uhonorowana medalem im. Alfreda Lityńskiego (nr 7) przez Polskie Towarzystwo Hydrobiologiczne w uznaniu zasług dla polskiej hydrobiologii.
2002
Stacja Hydrobiologiczna zostaje placówką nowo utworzonego Centrum Badań Ekologicznych PAN z siedzibą w Dziekanowie Leśnym, po likwidacji Instytutu Ekologii PAN
